荧光标记物质在蛋白的功能研究、药物筛选等领域也有着广泛的应用。人们利用荧光标记的多肽来检测目标蛋白的活性，并将其发展的高通量活性筛选方法应用于疾病治疗靶点蛋白的药物筛选和药物开发（例如，各种激酶、磷酸酶、肽酶等）。因此，多肽的荧光修饰，同样是多肽合成领域的重要内容。

多肽荧光标记方法与荧光试剂的结构有关系，通常标记在肽段的N-terminus或赖氨酸侧链。对于有游离羧基的荧光采用的方法与接多肽反应相同，也采用HBTU/HOBt/DIEA方法连接。FITC(异硫氰酸荧光素酯)是多肽，抗体蛋白常用的荧光标记物，当其链接在N端α-氨基的时候，在TFA中会发生Edman degradation反应，为了避免这个副反应的发生，我们在N端标记的时候需要加一个linker，如2-氨基乙酸，3-氨基丙酸，6-氨基己酸等。

可提供的荧光标记：

5-FITC，5-Fam，Rhodamine B，CY系列（CY3/3.5/5/5.5/7-COOH，

CY3/3.5/5/5.5/7-Mal，sulfo-CY3/5/5.5/7-Mal），ICG系列（ICG-COOH，ICG-Mal，sulfo-ICG-Mal），IRDye800，Super Fluor 系列（效果同Alexa Fluor系列）等。