非天然的氨基酸纳入多肽中基于许多不同的原因。例如,非自然氨基酸可用于提高多肽的活性或选择性以及新药开发中多肽的等离子体稳定性。
另外，使用非天然的氨基酸可诱导形成稳定的二级结构(螺旋，折叠)。
| β-Ala | 2-Abz | 7-AHP | Trp(Me) |
| β-Asp | 3-Abz | 8-AoC | Cys(lAA) |
| D-y-Glu | 4-Abz | 9-Anc | Ser(n-octanoyl) |
| y-Glu | Phe(3-Cl) | 10-Adc | Ser(Ac) |
| Cit | Phe(4-CI) | 12-Ado | L-Pen |
| D-Cit | D-Phe(4-Cl) | Dip | D-Pen |
| Tle | Phe(2-F) | D-Dip | AC3C/ACPC |
| Nva | Phe(3-F) | Bip | Sta |
| Nle | Phe(4-F) | D-Bip | Oic |
| D-Nle | Phe(4-Me) | Bal | D-0ic |
| Hyр | Phe(4-NO2) | Bpa | Thi |
| Orn | Phe(3-NO2) | D-Bpa | D-TiC |
| D-Orn | Phe(4-NH2) | 1-Nal | Tic |
| Ahx/Acp | Tyr(3-NO2) | 2-Nal | 2-Pal |
| Aib | Tyr(3-l) | D-2-Nal | 3-Pal |
| Abu | Tyr(3-Cl) | Cpa | 4-Pal |
| GABA/Y-Abu | Tyr(S03) | Cha | 4-Thiazolyalanine |
| DAP(Dnp)/Dpa | Tyr(Ac) | D-Cha | 9-AnthrylaAlanine |
| Dap | DOPA | D-Phg | 5-Methyl-L-norleucine |
| Dab | Dmt | Phg | L-Cyclopropylalanine |
| D-Dab | Phe(3,5-diF) | D-Chg | D-Cyclopropylalanine |
| Glp/Pyr | Thc/Thz | Chg | 1-aminocyclohexanecarboxylic acid |
| MMet(O) | Met(02) | ε-LyS | 1,2-Piperidinedicarboxylicacid |
