全保护肽
所有有反应活性的保护基团中，除了需要进行化学反应的基团，其余的都要保护起来，以防止在后续化学反应中发生副反应，降低收率或导致合成失败。常见保护基团汇总如下：
全保护肽合成展示
例如合成Asp-Lys-Gly-Tyr-连接臂-功能分子这里连接臂选用乙二胺。
步骤一：合成C端羧基裸露的全保护肽Boc-Asp(OtBu)-Lys(Boc)-Gly-Tyr(tBu)-OH，通过Fmoc固相合成方法，可以很简单的得到，这里仅展示一下最终结构。
步骤二：将乙二胺连接到裸露的C端羧基上（上图中红色结构），乙二胺结构如下
反应时需控制原料比例、反应浓度和反应时间，或将其中一个氨基临时保护起来。
最终得到产物Boc-Asp(OtBu)-Lys(Boc)-Gly-Tyr(tBu)-乙二胺，结构如下
步骤三：将连接臂的另一端和功能小分子结合，例如功能小分子上含有一个羧基，其它基团不参与反应或被保护。
步骤四：去掉所有的保护基团，前期选择哪种保护基团，取决于实验的需要，一般是根据实验路线，去掉保护基团之后，就得到了我们想要的多肽合成衍生物了。示例结构如下：
局部保护肽
局部保护肽相对于全保护肽而言，其多肽侧链保护基团不需要全部保护，仅保护个别的侧链活性基团，其优点是提高了多肽的溶解性，减少了空间位阻。在多肽合成衍生物的过程中，局部保护肽和全保护肽非常类似，小编就不再做进一步介绍了。